หลวงพ่อชา ท่านมีอุบายฝึกสอนลูกศิษย์หลากหลายวิธี เช่น ในฤดูร้อน ท่านจะให้ภิกษุสามเณรห่มจีวรเข้ามานั่งภาวนารวมกันในศาลา ซึ่งท่านก็จะมานั่งภาวนาด้วย พระภิกษุสามเณรต่างเหงื่อแตกจนจีวรเปียกโชกราวกะอาบน้ำ ในฤดูหนาวหลวงพ่อชากลับสั่งให้ภิกษุสามเณร ใส่แค่อังสะกับสบง เปิดหน้าต่างศาลาทั้งหมดนั่งสมาธิ พระภิกษุสามเณรบางรูปจะส่งเสียงฟืดฟาดและน้ำมูกไหล หลวงพ่อชาก็จะทักทันที ว่า "ทำไมต้องหีบปาก ไม่ได้เผ็ดพริกซะหน่อย สู้เข้าไป " ในฤดูฝนยิ่งหนัก ช่วงกลางพรรษาสองเดือน ท่านจะให้พระภิกษุสามเณรอธิฏฐานถือมุขวัตร(การปิดวาจาไม่พูดกับใคร) มีเพียงท่านที่พูดได้ ท่านจะดูแลงานวัด พูดคุยกับญาติโยม เทศนาแทนพระภิกษุสามเณรทุกรูป ซึ่งมาคิดดูก็เป็นงานที่หนักมาก และท่านจะให้พระภิกษุสามเณรปฏิบัติอย่างอุกฤตมากในช่วงสองเดือนนี้ ปฏิบัติแบบต่อเนื่องทั้งวันทั้งคืน เสียเวลาแค่บิณฑบาตรกับฉันข้าว ชำระล้างร่างกายเท่านั้น สองเดือนนี้ท่านจะให้เน้นการปฏิบัติมากกว่าการทำงานไปด้วยเจริญสติไปด้วยอย่างที่เคยทำกันมา บางครั้งมีพระทนไม่ไหวจะลุกหนี ท่านก็จะบอกว่า "หมู่คณะนั่งฟังอย่างเดียว แต่ผมทั้งนั่งทั้งพูด แต่ก็ยังอดทนสู้ผมไม่ได้" ซึ่งมันก็จริงของท่าน หลวงพ่อชาท่านทุ่มเทในการสอน ใครที่อยู่ได้ก็อยู่ ใครที่อยู่ไม่ได้ก็หนีไป หลวงพ่อชาบอกตรงๆว่า "ใครจะหนีไปผมก็ไม่เสียดาย เพราะผมสอนอย่างเต็มที่แล้ว" ข้อปฏิบัติของหลวงพ่อชา มักมีแต่เรื่องขัดใจขัดความต้องการของเราทั้งสิ้น แต่ก็กลับมีพระภิกษุสามเณรเข้ามาขออยู่ปฏิบัติจำนวนมาก จนกุฏิ 60 หลัง ไม่เพียงพอ ขอปักกลดอยู่ในป่าก็เอา นี่ก็เป็นความอัศจรรย์มากของหลวงพ่อ ท่านจะเน้นหนักในข้อปฏิบัติ อยู่กับท่านถ้าพระรูปใดไม่เดินจงกรม ไม่นั่งสมาธิ หรือมารวมกลุ่มไม่ทันเวลา ท่านจะจี้เป็นรายบุคคลเลยทีเดียว บางครั้งท่านก็สั่งไม่ให้ตีระฆังเตือน ให้รู้เวลาเอาเอง ทั้งที่ไม่มีนาฬิกากัน แต่รูปที่รู้เวลาก็จะช่วยกันเตือนกันทำให้เกิดความสามัคคี มีคนสงสัยว่าหลวงพ่อชาเป็นพระอรหันต์หรือไม่ แต่ท่านกลับให้ใส่ใจพิจารณาว่าท่านสอนในแนวทางที่จะทำให้เป็นพระอรหันต์หรือไม่ และแนวทางนั้นตรงกับคำสั่งสอนของพระพุทธเจ้าหรือเปล่า ท่านให้ใส่ใจเรื่องนี้มากกว่าการมาเพ่งดูว่าท่านเป็นพระอรหันต์ไหม ถ้ามันตรงตามคำสอนของพระพุทธเจ้าแล้ว ก็ปฏิบัติตามนั้นสิ หลวงพ่อชาท่านก็จะชี้ไปอย่างนั้น ชี้ทางให้รู้เอง เห็นเอง ท่านสอนภิกษุสามเณรให้ทำงานอย่างมีสติให้ใช้เสียงให้น้อยที่สุด ถ้าภิกษุสามเณรเผลอทำเสียงดังเกินจำเป็นแก่เหตุ ท่านก็จะเตือนทันทีว่า "ขาดสติ" "เอาสติไปทิ้งไว้ที่ไหน" ท่านเตือนให้สำรวมระวังตลอดเวลา ขนาบแล้วขนาบอีก เหมือนที่พระพุทธเจ้าตรัสว่า "อานนท์ เราจะขนาบแล้วขนาบอีกไม่มีหยุด เหมือนนายช่างหม้อ ทำกับหม้อที่ยังเปียกอยู่ ผู้ใดมุ่งต่อมรรคผลนิพพานจึงจะทนอยู่ได้ "คือท่านเตือนแล้วเตือนอีก ท่านไม่เพียงสอนให้พระมีความรู้ในพระธรรมวินัยอย่างเดียว แต่จะสอนให้พระเป็นพระจริงๆ อย่างการล้างห้องน้ำห้องส้วม ท่านบอกว่าเราไม่ได้ล้างห้องน้ำห้องส้วมเพื่อผู้อื่น แต่ล้างเพื่อชำระกิเลสตนเอง เมื่อเข้าห้องส้วมให้คิดว่า"วันนี้เราล้างแล้วรึยังนะ" ท่านสอนให้เป็นพระจริงๆคือเสียสละให้เป็น ไม่ใช่เพื่อตัวเอง แต่เพื่อหมู่คณะ คำสอนของหลวงพ่อชา ข้อหนึ่งคือ ให้ปฏิบัติด้วยความพอดี ให้ปรับทุกสิ่งทุกอย่างให้พอเหมาะ ทั้งเรื่องของเวลา ความรู้สึก และวิธีการปฏิบัติ หลวงพ่อส่งเสริมให้เราใส่ใจกับประสบการณ์ในการปฏิบัติของเราเอง และค่อยๆปรับให้เกิดความลงตัวหรือพอดี สุดท้ายจะพบว่าเราสามารถปฏิบัติได้ โดยไม่ทุกข์ทรมาณและเกิดความสงบเย็น

หลวงพ่อชา ท่านมีอุบายฝึกสอนลูกศิษย์หลากหลายวิธี เช่น ในฤดูร้อน ท่านจะให้ภิกษุสามเณรห่มจีวรเข้ามานั่งภาวนารวมกันในศาลา ซึ่งท่านก็จะมานั่งภาวนาด้วย พระภิกษุสามเณรต่างเหงื่อแตกจนจีวรเปียกโชกราวกะอาบน้ำ

ในฤดูหนาวหลวงพ่อชากลับสั่งให้ภิกษุสามเณร ใส่แค่อังสะกับสบง เปิดหน้าต่างศาลาทั้งหมดนั่งสมาธิ พระภิกษุสามเณรบางรูปจะส่งเสียงฟืดฟาดและน้ำมูกไหล หลวงพ่อชาก็จะทักทันที ว่า "ทำไมต้องหีบปาก ไม่ได้เผ็ดพริกซะหน่อย สู้เข้าไป "

ในฤดูฝนยิ่งหนัก ช่วงกลางพรรษาสองเดือน ท่านจะให้พระภิกษุสามเณรอธิฏฐานถือมุขวัตร(การปิดวาจาไม่พูดกับใคร) มีเพียงท่านที่พูดได้ ท่านจะดูแลงานวัด พูดคุยกับญาติโยม เทศนาแทนพระภิกษุสามเณรทุกรูป ซึ่งมาคิดดูก็เป็นงานที่หนักมาก และท่านจะให้พระภิกษุสามเณรปฏิบัติอย่างอุกฤตมากในช่วงสองเดือนนี้ ปฏิบัติแบบต่อเนื่องทั้งวันทั้งคืน เสียเวลาแค่บิณฑบาตรกับฉันข้าว ชำระล้างร่างกายเท่านั้น สองเดือนนี้ท่านจะให้เน้นการปฏิบัติมากกว่าการทำงานไปด้วยเจริญสติไปด้วยอย่างที่เคยทำกันมา บางครั้งมีพระทนไม่ไหวจะลุกหนี ท่านก็จะบอกว่า "หมู่คณะนั่งฟังอย่างเดียว แต่ผมทั้งนั่งทั้งพูด แต่ก็ยังอดทนสู้ผมไม่ได้" ซึ่งมันก็จริงของท่าน

หลวงพ่อชาท่านทุ่มเทในการสอน ใครที่อยู่ได้ก็อยู่ ใครที่อยู่ไม่ได้ก็หนีไป หลวงพ่อชาบอกตรงๆว่า "ใครจะหนีไปผมก็ไม่เสียดาย เพราะผมสอนอย่างเต็มที่แล้ว"

ข้อปฏิบัติของหลวงพ่อชา มักมีแต่เรื่องขัดใจขัดความต้องการของเราทั้งสิ้น แต่ก็กลับมีพระภิกษุสามเณรเข้ามาขออยู่ปฏิบัติจำนวนมาก จนกุฏิ 60 หลัง ไม่เพียงพอ ขอปักกลดอยู่ในป่าก็เอา นี่ก็เป็นความอัศจรรย์มากของหลวงพ่อ

ท่านจะเน้นหนักในข้อปฏิบัติ อยู่กับท่านถ้าพระรูปใดไม่เดินจงกรม ไม่นั่งสมาธิ หรือมารวมกลุ่มไม่ทันเวลา ท่านจะจี้เป็นรายบุคคลเลยทีเดียว บางครั้งท่านก็สั่งไม่ให้ตีระฆังเตือน ให้รู้เวลาเอาเอง ทั้งที่ไม่มีนาฬิกากัน แต่รูปที่รู้เวลาก็จะช่วยกันเตือนกันทำให้เกิดความสามัคคี

มีคนสงสัยว่าหลวงพ่อชาเป็นพระอรหันต์หรือไม่ แต่ท่านกลับให้ใส่ใจพิจารณาว่าท่านสอนในแนวทางที่จะทำให้เป็นพระอรหันต์หรือไม่ และแนวทางนั้นตรงกับคำสั่งสอนของพระพุทธเจ้าหรือเปล่า ท่านให้ใส่ใจเรื่องนี้มากกว่าการมาเพ่งดูว่าท่านเป็นพระอรหันต์ไหม ถ้ามันตรงตามคำสอนของพระพุทธเจ้าแล้ว ก็ปฏิบัติตามนั้นสิ หลวงพ่อชาท่านก็จะชี้ไปอย่างนั้น ชี้ทางให้รู้เอง เห็นเอง

ท่านสอนภิกษุสามเณรให้ทำงานอย่างมีสติให้ใช้เสียงให้น้อยที่สุด ถ้าภิกษุสามเณรเผลอทำเสียงดังเกินจำเป็นแก่เหตุ ท่านก็จะเตือนทันทีว่า "ขาดสติ"  "เอาสติไปทิ้งไว้ที่ไหน" ท่านเตือนให้สำรวมระวังตลอดเวลา ขนาบแล้วขนาบอีก เหมือนที่พระพุทธเจ้าตรัสว่า "อานนท์ เราจะขนาบแล้วขนาบอีกไม่มีหยุด เหมือนนายช่างหม้อ ทำกับหม้อที่ยังเปียกอยู่ ผู้ใดมุ่งต่อมรรคผลนิพพานจึงจะทนอยู่ได้ "คือท่านเตือนแล้วเตือนอีก

ท่านไม่เพียงสอนให้พระมีความรู้ในพระธรรมวินัยอย่างเดียว แต่จะสอนให้พระเป็นพระจริงๆ อย่างการล้างห้องน้ำห้องส้วม ท่านบอกว่าเราไม่ได้ล้างห้องน้ำห้องส้วมเพื่อผู้อื่น แต่ล้างเพื่อชำระกิเลสตนเอง เมื่อเข้าห้องส้วมให้คิดว่า"วันนี้เราล้างแล้วรึยังนะ" ท่านสอนให้เป็นพระจริงๆคือเสียสละให้เป็น ไม่ใช่เพื่อตัวเอง แต่เพื่อหมู่คณะ

คำสอนของหลวงพ่อชา ข้อหนึ่งคือ ให้ปฏิบัติด้วยความพอดี ให้ปรับทุกสิ่งทุกอย่างให้พอเหมาะ ทั้งเรื่องของเวลา ความรู้สึก และวิธีการปฏิบัติ หลวงพ่อส่งเสริมให้เราใส่ใจกับประสบการณ์ในการปฏิบัติของเราเอง และค่อยๆปรับให้เกิดความลงตัวหรือพอดี สุดท้ายจะพบว่าเราสามารถปฏิบัติได้ โดยไม่ทุกข์ทรมาณและเกิดความสงบเย็น